Den röda flugsvampen innehåller bland annat de cellskadande gifterna ibotensyra, muskazon och muscimol Typiska förgiftningssymtom är bland annat illamående, kräkningar, förvirring, yrsel, synrubbningar och hallucinationer. Svampen är inte lika giftig som lömsk eller vit flugsvamp – ända in på 1950-talet beskrevs den i en del svampböcker som god efter förvällning och avdragning av hatthuden – men kan i vissa fall vara dödlig och betraktas numera som oätlig.Förgiftningar är mycket ovanliga i Sverige och drabbar vanligen personer som velat uppnå en stark berusningseffekt, som blivit betydligt obehagligare än väntat. Vid låga doser får man enbart svaga hallucinationer. Röd flugsvamp har egenheten att ur normal mark ta upp betydande mängder vanadin , som i svampen binds i anjonkomplexet amavadin. Röd flugsvamp innehåller samma gifter som ämnena ibotensyra och muscimol. Dessa gifter påverkar nervsystemet och ger symptom som illamående, hjärtklappning och hallucinationer.
Har i en del kulturer brukats som berusningsmedel, bl a av folkslag i nordöstra Sibirien.
I sverige har den använts som fluggift och som medel mot vägglöss.